Peristiwa pembaptisan pertama umat Katolik di Kevikepan Manado terjadi pada tahun 1563. Pada tahun itu, Diego de Magelhaes membaptis sekitar 1.500 umat Katolik di Manado. Setelah pembaptisan 1.500 orang tersebut, Diego de Magelhaes kemudian membaptis 2.000 orang di Kaidipan.
Pada tahun yang sama, Raja Siau juga mengirimkan permintaan akan pembaptisan sejumlah warganya kepada Diego de Magelhaes. Permintaan tersebut tidak dipenuhi Diego de Magelhaes karena ia melakukan karya missi kerasulan ke sebelah barat wilayah Keuskupan Manado. Permintaan ini baru terlaksana pada tahun 1568, saat Pero Mascarenhas, S.J., mengunjungi Kevikepan Nusa Utara dan menginstruksikan sejumlah kepala desa dan umat Kristiani yang dibaptis pada tahun 1563 untuk membaptis ribuan warga Kabupaten Sitaro.
Asistensi kerasulan dilakukan oleh para imam Fransiskan dari Keuskupan Agung Manila pada tahun 1610 dan 1611. Persekusi umat Kristiani di Keuskupan Manado tercatat pada tahun 1614 saat dua imam Fransiskan dibunuh sejumlah penduduk dari pemukiman muslim di Tagulandang. Persekusi terjadi pada tahun 1622 saat R.P. Bras Palomino, O.F.M., dibunuh oleh sejumlah umat penghayat kepercayaan. Catatan pembunuhan yang dilakukan oleh umat penghayat kepercayaan juga terjadi pada tahun 1644 saat R.P. Lorenço Garralda, O.F.M., tewas akibat dugaan santet yang dilakukan sejumlah paranormal.
Datangnya kapal-kapal Belanda di sejumlah pelabuhan di Sulawesi Utara pada tahun 1660, kehadiran missionaris Protestan ke sejumlah desa di Minahasa tahun 1663, dan pembangunan benteng di Manado pada tahun 1666 menandai terhentinya missi Keuskupan Manado. Usaha terakhir yang dilakukan oleh Carlo Turcotti di Bolaang Hitam/Bolang Itang dan Kaidipan tahun 1676, pada akhirnya, tidak membuahkan hasil. Adapun missi Keuskupan Manado terhenti hingga tahun 1879.
Catatan pembaptisan umat kristiani paling awal di Kevikepan Tondano terjadi pada tanggal 19 September 1868, yakni pada saat R.P. Johannes de Vries, S.J., melakukan sakramen permandian di rumah pribadi seorang missionaris dari Nederlandsche Zendeling Genootschap di daerah Langowan kepada Daniel Agustinus Mandagi dan sejumlah anak-anak. Peristiwa pembaptisan ini merupakan catatan pertama Paroki Santo Petrus Langowan. Adapun catatan pembaptisan umat Kristiani yang kedua terjadi pada 9 Agustus 1879, yakni pada saat tujuh katekumen di Paroki Santo Antonius Padua, Tataaran II, Tondano Selatan, Minahasa, secara resmi menerima sakramen pembaptisan.
Atas catatan pembaptisan di Langowan tersebut, Adam Carel Claessens mengirim Gregorius Metz, imam Keuskupan Larantuka, untuk mengunjungi Minahasa pada tahun 1873. Setelah kunjungan tersebut, Bernardus Mutsaers secara permanen bermukim di Manado sejak 1886. Sekolah perempuan Katolik pertama didirikan pada tahun 1907 setelah kedatangan para biarawati dari Belanda pada tahun 1898. Catatan ini menjadi bekal persiapan Keuskupan Manado untuk membentuk struktur baru yang resmi terbentuk pada November 1919.
Catatan ekspansi terakhir Keuskupan Manado dilakukan pada tahun 1900, saat sejumlah nelayan Filipina peternak mutiara membangun pemukiman di Sambiut, Totikum, Banggai Kepulauan. 25 tahun sesudahnya, seorang guru Protestan bersama sejumlah warga Banggai diterima dalam Gereja Katolik. Catatan ini menjadi cikal-bakal Kevikepan Luwuk.